Voraussetzungen

Folgendes wird benötigt, um SAGA.M31 - Galaxy zu installieren:

• Ein J2EE Servletcontainer, z.B. die kostenlose Implementierung Tomcat 5.0.x oder das kommerzielle Produkt IBM WebSphere 5.1
• Das kostenlose Java 2 SDK in der Version 1.4.x von SUN
• Eine Installation der Datenbank MySQL, ebenfalls kostenlos
• Den MySQL JDBC Treiber, hier frei verfügbar.
• Optional, zur Integration von Daten aus Galaxy in MS Office-Anwendungen Microsoft Office XP Web Services Toolkit 2.0 (kostenlos)

Nach entpacken des Installationspaketes befinden sich die folgenden Dateien im Zielverzeichnis:

Datei	Beschreibung
Galaxy.war	Die eigentliche Galaxy Applikation die im Servletkontainer eingespielt wird
createTables.sql	SQL-Skript zum erstellen der für den Betrieb notwendigen Tabellenstruktur
installation.txt	Diese Datei in englischer Sprache als Textdokument
WEB-INF\classes\galaxy.properties	Die Vorlage einer Galaxy-Konfigurationsdatei

Die aktuelle Version von Galaxy wird mit einer MySQL-Datenbank betrieben, die kostenlos herunter geladen werden kann.

Probleme mit MySQL Version 4.1

Durch interne Änderungen in der Implemtierung von MySQL, die bis jetzt noch nicht abgeschlossen sind, werden derzeit nur Versionen bis zur 4.0 Serie unterstützt.

Die Datenbank muss gemäß der Dokumentation auf der MySQL Website Installiert und konfiguriert werden.

TIP
Für Betreiber des Apache Web Server mit PHP, steht ein hervorragendes Administrationstool, phpMyAdmin, zur Verfügung, Natürlich kostenlos

Anschließend müssen die folgenden Schritte durchgeführt werden:

1. Erstellen einer Datenbank, z.B. mit dem Namen 'galaxyDatabase'
2. Erstellen eines Benutzers, z.B. 'galaxyUser' mit entsprechenden Rechten
3. Vergabe eines Passwortes für den erstellten galaxyUser

Sollen Datenbank und Galaxy-Server auf getrennten Maschienen laufen, sollten zusätzlich folgende Punkte beachtet werden:

1. Die beiden Rechner müssen sich im Netzwerk 'sehen'. Dies kann einfach mit Hilfe des 'ping' Befehles überprüft werden
2. Der erstellte galaxyUser muss berechtigt sein, von der Galaxy-Plattform auf den MySQL Server zuzugreifen
3. Dies kann z.B. durch eine MySQL Applikation (z.B. dem MySQL Commandline-Client) überprüft werden, der von der Galaxy-Plattform eine Verbindung zum MySQL Server aufbauen können muss.

Sind Datenbank und Benutzer erstellt müssen die benötigten Tabellen erstellt werden. Hierzu müssen alle Befehle, die in der beiliegenden DateicreateTables.sql aufgeführt sind abgearbeitet werden. Dies kann entweder per MySQL Commandline Client erfolgen oder aber mit Hilfe eines Tools wie phpMyAdmin. Bei Benutzung des Commandline Clients unter einem UNIX Betriebsystem kann der folgende Befehl abgesetzt werden:

$ mysql -u galaxyUser -pgalaxyUserPassword galaxyDatabase < createTables.sql

Anschließend kann mit dem Befehl 'show tables' überprüft werden, ob die Tabellen angelegt wurden. Auch kann geprüft werden dass die Tabellen Users und hibernate_unique_key jeweils einen Eintrag enthalten.

Upgrate: Wird von der Galaxy Version 0.5 auf die neue Version umgestellt, steht hierfür das Skript 'update_05_06.sql' bereit.

Es muss die Datei galaxy.properties im Verzeichnis WEB-INF\classes editert werden. Hier müssen die folgenden Werte angepasst werden:

Parameter	Beschreibung
database.url	Die URL unter der die galaxyDatabase erreichbar ist. Die Syntax lautet wie folgt: jdbc:mysql://[hostname|ipaddress]:[port]/[databasename]?relaxAutoCommit=true wobei IP Adresse oder Hostname des Datenbankservers, dessen Port und der Name der angelegten Datenbank (z.B. galaxyDatabase) ersetzt werden müssen.
database.username	Der Name des vorher angelegten Benutzers (z.B. galaxyUser)
database.password	Das Passwort, das für den Benutzer vergeben wurde
hostconnector.terminalType	Der Typ des Terminals, der bei TN-Server angefordert wird. Notwendig, um z.B. eine spezifische LU anzufordern. Dieser Parameter ist nur Relevant, wenn der Hostconnector zum Einsatz kommt.

Nach Anpassung der Parameter muss die Konfigurationsdatei zur Datei Galaxy.war hinzugefügt werden.

Hierzu wird die folgede Vorgehensweise empfohlen:

1. Wechsel in das Verzeichnis, in das das Installationspaket entpackt wurde
2. Absetzen des folgenden Befehles:

$ jar -uvf Galaxy.war WEB-INF/classes/galaxy.properties

Ist dies geschehen, ist die lokale Konfiguration abgeschlossen. Nun müssen dem Application Server die MySQL-JDBC-Treiberklassen bekannt gemacht werden.

Der heruntergeladene MySQL JDBC Treiber beinhaltet ein Java Archiv: mysql-connector-java-3.x.xx-ga-bin.jar. Hierbei steht 'x' für die verwendete Version.

Tomcat
Bei Verwendung des Tomcat Application Servers muss diese Datei unter TOMCAT_INSTALL_DIR/common/lib abgelegt, sowie der Dienst neu gestartet werden.

Soll der SQL Connector von Galaxy auf einer anderen Datenbank als MySQL operieren, so müssen dessen JDBC-Treiber auf die gleiche Art eingespielt werden.

Die JDBC Treiber für Oracle können hier herunter geladen werden.

WebSphere
Bei einem WebSphere Application Server muss den Anweisungen zum erstellen einer JDBC Datenquelle in der Dokumentation gefolgt werden.

Dieses Dokument beschreibt die Vorgehensweise beim Deployment auf IBM's WebSphere 5.1 und Tomcat 5.0.x. Es wird vorrausgesetzt, dass der entsprechende Server bereits installiert und konfiguriert ist.

1. Login in die Administrationskonsole
2. Auswahl des Menüpunktes Anwendungen -> Enterprise Anwendungen
3. Es erscheint eine Liste aller installierten Anwendungen
4. Auswahl "Installieren"
5. Auswal der lokalen Datei Galaxy.war zur Installation
6. Angeben des Root-Kontextes für die Applikation, z.B. '/Galaxy'
7. Während der Installation wird ein "Security Advise" gezeigt, dieser kann durch einen Klick auf weiter ignoriert werden.
8. Vier weitere Schritte folgen, die jeweils nur mit 'Weiter' bestätigt werden müssen
9. Der Server zeigt an, dass sich die Konfiguration geändert hat und diese gespeichert werden muss.
10. Erneut Anwendungen -> Enterprise Anwendungen auswählen und die neu Installierte Anwendung auswählen.
11. Im Abschnitt "Konfiguration" muss der "Modus des Klassenladers" von "PARENT_FIRST" auf "PARENT_LAST" und die "Einstellungen für WAR-Klassenlader" von "Module" to "Application" gestellt werden.
12. Auswahl des Buttons "Anwenden und anschließendes speichern der Masterkonfiguration
13. Nun muss die Anwendung gestartet werden dies kann wieder unter dem Punkt Anwendungen -> Enterprise Anwendungen geschehen. Die Applikation muss mit Hilfe der Checkbox ausgewählt und anschließend gestartet werden.
14. Nach einer Weile schaltet das Statusicon von Rot auf Grün um, der Startvorgang ist abgeschlossen
15. Die Applikation ist nun unter 'http://[your.host]:[port]/Galaxy/wui' erreichbar
16. Um dies zu Überprüfen, kann die URL in einen Browser eingegeben und geladen werden, die Loginseite baut sich auf
17. Anmelden mit Benutzer 'admin', Passwort 'galaxy'
18. Es baut sich die Einstiegseite auf, diese enthält erste Informationen zur Benutzung von Galaxy

1. Login in den "Tomcat Manager", hierfür wird werden Benutzername und Passwort benötigt
2. Falls noch kein Benutzer definiert wurde, kann dies mit Hilfe der Datei tomcat-users.xml im conf-Verzeichnis der Tomcatinstallation geschehen
3. Der Benutzer benötigt die Rechte der "manager"-Gruppe. Weitere Informationen finden sich in der Tomcat Dokumentation
4. Der "Tomcat Manager" bietet die Möglichkeit, eine WAR-Datei zum deployment hochzuladen
5. Mit Hilfe dieser Funktion muss nun die Datei Galaxy.war auf den Server geladen werden.
6. Nach erfolgreichem Deployment sollte die Applikation bereits verfügbar sein. Dies kann per Aufruf der folgenden URL überprüft werden: http://[your.host]:[port]/Galaxy/wui. Es sollte sich die Galaxy Loginseite zeigen
7. Anmelden mit Benutzername 'admin' und Passwort 'galaxy'
8. Es baut sich die Einstiegseite auf, diese enthält erste Informationen zur Benutzung von Galaxy

Nachdem Galaxy nun Installiert ist, können die folgenden Aktionen ausgeführt werden:

1. Erstellen von Connectoren
2. Konfigurieren von Abfragen gegen einen der Connectorer
3. Erstellen von Containern, die Felder der Abfragen bereitstellen
4. Testen der Container über die "Sample Run"-Funktion
5. Erstellen von Benutzern und Vergabe von Rechten für Container

Für Jeden verfügbaren Container wird automatisch eine WSDL-Datei generiert, jeder Container stellt also automatisch auch einen Web Service zur Verfügung!

Tutorials zu den ersten Schritten mit Galaxy finden sich auf der Galaxy Website -> Dokumente -> Beispiele. Diese Sektion wird ständig aktualisiert, es loht sich also, regelmäßig vorbeizuschauen...

Sollten bei der Installation oder der Nutzung von Galaxy Probleme auftreten, empfehlen wir den Besuch der Galaxy Foren. Dort können Fragen rund um Galaxy gestellt werden, die gewissenhaft beantwortet werden. Wir sind auch per Email unter der folgenden Adresse gerne für Sie da: galaxy[AT]sagadc[dot]com.

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